傳統 NIS 和 NYS 之間的選擇其實也就是在 懶惰、成熟和彈性、冒險之間作選擇。
傳統 NIS 程式碼就在標準 C 函示庫當中， 存在了比較久，也較沒有彈性。
NYS 函示庫中的 NIS 程式碼需要你重新編譯 libc 函示庫以便把 NYS 程式碼加入其中 （或者你可以取得其他人編譯好的版本）。
另一向差異是傳統 NIS 程式碼支援 NIS 網路群組（Netgroups）， 然而 NYS 程式碼並不支援。就另方面來說， NYS 允許你使用 Shadow Passwords，傳統 NIS 並不支援 Shadow Passwords。
如果你是使用新的 GNU C 函示庫 2.x（又稱 libc6），把剛剛那些全忘了吧。 它擁有真正的 NSS（名稱切換服務）支援，更有彈性，而且也支援下列的 NIS/NIS+ 對應：aliases、ethers、group、hosts、netgroups、networks、protocols、 publickey、passwd、rpc、services 和 shadow。 GNU C 函示庫在 NIS 上沒有 shadow passwords 的問題。
在 NIS 和 NIS+ 之間作選擇相當容易，如果沒有必要使用 NIS+ 或是有嚴格的安全需求， 那就使用 NIS。NIS+ 對於管你者來說是個大麻煩（設定客戶端相當容易， 但是伺服器端就像是惡夢）。另一個問題是，Linux 底下的 NIS+ 支援仍然在開發中， 你需要最新的 glibc 2.1。 There is an unsupported port of the glibc NIS+ support for libc5 as dropin replacement.